Por ser el Fondo SAM un fondo privado y participativo su Junta Directiva está integrada por donantes, expertos y por los fondos nacionales de cada uno de los países del Sistema Arrecifal Mesoamericano. Los cuatro fondos tienen un representante permanente en la Junta Directiva. Además, cuenta con un representante de la Comisión Centroamericana de Ambiente y Desarrollo, con expertos reconocidos de cada país participante y con un máximo de siete representantes de la comunidad de donantes internacionales. Para garantizar el mejor desempeño y la toma de decisiones sensata, el personal y la Junta están asesorados por cinco comités: Gobernanza, Inversiones, Auditoría, Revisión de Propuestas y Evaluación, y Desarrollo.
El Fondo SAM obtiene su capacidad de manejo de las capacidades técnicas, administrativas y financieras en los cuatro fondos fundadores. Por ello, aprovecha las estructuras regionales existentes, buscando la implementación más eficiente y efectiva de los programas y fondos. Como una organización de estructura liviana desde su creación, el Fondo SAM está dirigido por una Directora Ejecutiva apoyada por un Asesor Estratégico, un área Técnica y una Administrativa. La Contabilidad es Out-sourcing.
